Posso chiudere la pop-up appena aperta da un link nella pagina principale?

Certo. È necessario però creare un riferimento alla pop-up.

Ad esempio:

miaPopUp=window.open(‘sponsor.htm’, ”, ‘width=300,height=300,left=100,top=100,menubar,toolbar’);

Poi nella pagina principale è sufficiente inserire la sintassi per la chiusura:

<a href=”javascript:miaPopUp.close()”>chiudi la finestra secondaria</a>