Per configurare Apache si utilizzano file di testo. Per ragioni storiche, in genere ci si riferisce al file di configurazione principale httpd.conf. Sebbene il suo percorso predefinito venga stabilito al momento della compilazione, il flag della riga di comando di Apache -f può essere utilizzato per fornirne uno alternativo.
All'interno del file principale possono essere inseriti riferimenti ad altri file di configurazione mediante la direttiva Include, e si possono usare i carattery jolly per includere gruppi di file. Ciò permette di parcellizzare la configurazione in file più piccoli, riducendo anche la possibilità di errori: è il caso delle distribuzioni basate su Debian, come Ubuntu.
Sebbene la configurazione di Apache possa essere modificata mentre ve n'è un'instanza in esecuzione, è necessario effettuarne il reload (per modifiche minori) o il riavvio perchè esse abbiano effetto.
Le direttive
I file di configurazione di Apache contengono, in genere, una direttiva per riga, sebbene si possa aggiungere una backslash (\) per segnalare la continuazione alla riga successiva. In ogni caso la backslash, se presente, dev'essere l'ultimo carattere prima della fine della riga. Le direttive sono case-insensitive, mentre i loro i parametri in genere sono case-sensitive.
I parametri delle direttive sono separati da whitespace (ovvero spazi e/o tabulazioni). Se un parametro contiene degli spazi, va racchiuso tra virgolette.
Tutte le direttive a cui venga preposto il cancelletto (#) vengono considerate commenti, e di conseguenza ignorate: non è prevista la possibilità di inserire commenti all'interno delle direttive in vigore. Si noti che, come i commenti, vengono ignorati anche whitespace e righe bianche.
È possibile definire variabili cui riferirsi all'interno del file di configurazione mediante la direttiva Define. È inoltre possibile far riferimento a variabili d'ambiente della shell, utilizzando la sintassi ${VAR}. Se la variabile d'ambiente VAR non dovesse essere definita al momento in cui viene effettuato il parsing della configurazione, viene emesso un warning.
È importante ricordare che, all'interno dei nomi delle variabili, non è possibile utilizzare i due punti (:), al fine di evitare conflitti con la sintassi della direttiva RewriteMap.
Dopo aver effettuato una modifica al file di configurazione, è possibile verificarne la correttezza formale utilizzando il comando:
apachectl configtest