Come posso chiedere la conferma di un'azione all'utente? Perchè non riesco a catturare l'azione dell'utente?

Devi utilizzare una confirm.

Ricordati di catturare l’azione di un utente in una variabile:
se l’utente clicca su “ok”, ti verrà restituito true; se invece clicca su “annulla” (“cancel”) ti verrà restituito false. Quindi:

var risposta=confirm(‘sei sicuro di fare questo?’);
if (risposta==true) {
// se l’utente è d’accordo
}
else {
// se non è d’accordo
}